| Id | Element | Ion | Binding family | Amino acids or nucleotide residues names | All bound residues | Is homomer | Number of bound amino acids or nucleotide residues | Number of all bound residues | Number of coordinating chains | Representative |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 6OT9-ZN-4 | ZN | Zn²⁺ | D2 | ASP. | ASP. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✘ |
| 6OT9-ZN-5 | ZN | Zn²⁺ | D2 | ASP. | ASP. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 6OT9-ZN-12 | ZN | Zn²⁺ | D2 | ASP. | ASP. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✘ |
| 6OT9-ZN-13 | ZN | Zn²⁺ | D2 | ASP. | ASP. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✘ |
| 5YE4-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | D2 | ASP. | ASP. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 4KT7-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 7 | 2 | ✔ |
| 4JCO-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 4JCO-NA-3 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 4JCO-NA-4 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASN.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 4HA4-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 6 | 2 | ✔ |
| 4HA4-NA-2 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 6 | 2 | ✘ |
| 3ZMO-NA-3 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✔ |
| 3ZMO-NA-4 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 3ZMO-NA-5 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 3CGL-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 6 | 2 | ✔ |
| 3CGL-NA-2 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 5 | 2 | ✘ |
| 1L7K-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 1NSM-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 1NSS-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 1NS7-NA-1 | NA | Na⁺ | D2 | ASP. | ASP.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✔ |