| Id | Element | Ion | Binding family | Amino acids or nucleotide residues names | All bound residues | Is homomer | Number of bound amino acids or nucleotide residues | Number of all bound residues | Number of coordinating chains | Representative |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1I9R-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1F35-ZN-2 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✔ |
| 1F35-ZN-3 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 6YXM-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1R22-ZN-2 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1PGU-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1PI6-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1PI6-ZN-2 | ZN | Zn²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 2NWH-CA-1 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✔ |
| 2NWH-CA-2 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 4L76-CA-2 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 4IGU-NA-1 | NA | Na⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✔ |
| 4HHD-NA-1 | NA | Na⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 5OYJ-CA-1 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✘ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 5J2Z-CA-5 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ACT.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✔ |
| 5J2Z-CA-6 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ACT.HOH. | ✔ | 2 | 4 | 2 | ✘ |
| 2P6T-CA-1 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | GLY.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 2P6S-CA-1 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASN.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 4OKS-CA-2 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 3ZRR-CA-1 | CA | Ca²⁺ | D1E1 | ASP.GLU. | ASP.GLU.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✔ |