| Id | Element | Ion | Binding family | Amino acids or nucleotide residues names | All bound residues | Is homomer | Number of bound amino acids or nucleotide residues | Number of all bound residues | Number of coordinating chains | Representative |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1EYZ-NA-1 | NA | Na⁺ | A2 | ALA. | ALA.HOH. | ✔ | 2 | 5 | 2 | ✔ |
| 2FAC-ZN-3 | ZN | Zn²⁺ | A2 | ALA. | ALA.HOH. | ✔ | 2 | 6 | 2 | ✔ |
| 2FAE-ZN-3 | ZN | Zn²⁺ | A2 | ALA. | ALA.HOH. | ✔ | 2 | 6 | 2 | ✔ |
| 6MGY-K-1 | K | K⁺ | A2 | ALA. | ALA.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 2ORH-NA-1 | NA | Na⁺ | A2 | DA. | DA. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 4EZ2-NA-1 | NA | Na⁺ | A2 | DA. | DA. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1ZF4-NA-1 | NA | Na⁺ | A2 | DA. | DA. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1DCW-NA-1 | NA | Na⁺ | A2 | DA. | DA. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 3BFM-CA-1 | CA | Ca²⁺ | A2 | ALA. | ALA.HOH. | ✔ | 2 | 7 | 2 | ✔ |
| 3M6Y-CA-2 | CA | Ca²⁺ | A2 | ALA. | ASN.HOH. | ✔ | 2 | 7 | 2 | ✔ |
| 5NH8-CA-1 | CA | Ca²⁺ | A2 | ALA. | ALA.HOH. | ✔ | 2 | 7 | 2 | ✔ |
| 5NH8-CA-2 | CA | Ca²⁺ | A2 | ALA. | ALA.HOH. | ✔ | 2 | 7 | 2 | ✘ |
| 6NIZ-AG-3 | AG | Ag⁺ | A2 | DA. | DA. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |