| Id | Element | Ion | Binding family | Amino acids or nucleotide residues names | All bound residues | Is homomer | Number of bound amino acids or nucleotide residues | Number of all bound residues | Number of coordinating chains | Representative |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 3NGO-MG-2 | MG | Mg²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU.HOH. | ✘ | 2 | 5 | 2 | ✔ |
| 3G3C-MG-2 | MG | Mg²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU.PO4. | ✘ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 3G4T-MG-1 | MG | Mg²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU.PO4. | ✘ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 5INL-MG-1 | MG | Mg²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU.HOH. | ✘ | 2 | 6 | 2 | ✔ |
| 5INL-MG-2 | MG | Mg²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU.HOH. | ✘ | 2 | 6 | 2 | ✘ |
| 5GKH-MG-2 | MG | Mg²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 5WPL-CA-1 | CA | Ca²⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU.HOH. | ✘ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 5WHA-CA-1 | CA | Ca²⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 1G29-NA-3 | NA | Na⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | GLU.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✔ |
| 1G29-NA-4 | NA | Na⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | GLU.HOH. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 6KVO-MG-1 | MG | Mg²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 6FCB-K-1 | K | K⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU.PPK. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 6FCB-K-2 | K | K⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU.PPK. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 6FCB-K-3 | K | K⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU.PPK. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 6FCB-K-4 | K | K⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU.PPK. | ✔ | 2 | 3 | 2 | ✘ |
| 3LUO-ZN-1 | ZN | Zn²⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 3LUO-ZN-2 | ZN | Zn²⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✘ |
| 3LUO-ZN-3 | ZN | Zn²⁺ | A1E1 | ALA.GLU. | ALA.GLU. | ✔ | 2 | 2 | 2 | ✘ |
| 6DBQ-CA-1 | CA | Ca²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |
| 6DBI-CA-2 | CA | Ca²⁺ | A1E1 | DA.GLU. | DA.GLU. | ✘ | 2 | 2 | 2 | ✔ |